O Conselho Nacional de Educação (CNE) emitiu um parecer onde defende que a Educação Sexual nas escolas deve ser implementada num registo "não disciplinar" e "facultativo". Numa posição próxima ao que foi proposto há dias pela comissão de peritos chefiada por Daniel Sampaio - que rejeitou a criação de uma disciplina dedicada exclusivamente a este tema - , o CNE sugere "a criação de uma área curricular não disciplinar que integre a Educação para a Saúde, a Educação Sexual e a Educação Cívica".

Segundo o conselho, porque esta se trata de uma área de "formação pessoal e social", a sua implementação exige "um currículo aberto, flexível, com a participação activa dos alunos na discussão dos seus conteúdos e metodologias" o que, considera, só é possível "através de um modelo pedagógico compreensivo e não impositivo". O CNE defende, contudo, uma maior clarificação do ensino deste tema, para além da valorização da aprendizagem adquirida pelos professores na matéria e do envolvimento das famílias na definição dos programas.